队机关内设机构有行政办公室、财务资产科、组织人事科、规划发展科、纪检审计科、党办室(组织宣传工会团委)、后勤管理科、离退休管理科、总工程师办公室、地质科、科技与对外合作科、材料机电科、安全生产科、地热能开发研究中心、地质技术服务中心、矿产资源勘查中心、钻探第一项目部、钻探第二项目部、钻探第三项目部19个科室（中心/项目部）。