队机关内设机构有行政办公室、财务资产科、组织人事科、规划发展科、纪委、审计科、党办室(组织宣传工会团委)、后勤管理科、离退休管理科、总工程师办公室、地质科、科技与对外合作科、材料机电科、安全生产科、保卫科、地热能勘探开发工程研究中心、城市地质与区域地质调查中心、风险与事故预防及处理中心、矿产资源研究中心、物探分队、地质技术服务分队、地热能分队、钻探综合分队、考核办、培训中心、钻探第一项目部、钻探第二项目部、钻探第三项目部（中心/项目部）。